講義コード (Course Code) 授業科目名 (Course Title) 科目ナンバリングコード (Numbering Code)
(日)数理生物学演習
(英)Programming in Computational Biology
SCI-BIO3651J
講義題目 (Sub Title) 授業科目区分 (Course Subject Classification)
専攻教育科目
開講年度 (Year) 開講学期 (Term) 曜日時限 (Class Day) 必修選択 (Required / Elective)
2015 前期 月3 月4 選択必修
単位数 (Credit) 担当教員 (Course Instructor) 対象学部等 (Intended School)
1.0 波江野 洋 理学部生物学科
対象学年 (Intended Year) 開講地区 (Taught Campus) 教室 (Classroom) 使用言語 (Taught Language)
学部3年 未設定 未設定

授業概要 (Course Overview)
情報基盤センターに設置されているiMacを使用しての計算機実習。
非線形力学系・確率過程に基づくモデル、およびモデルが生成するデータを解析する。
主な話題(予定)
C言語の基礎
数値計算の基礎
モンテカルロシミュレーション

生態系における被食ー捕食系
概日リズム
疫学モデル
ライトフィッシャーモデル
セルオートマトン
発がんプロセス
反応拡散モデル
パラメータ推定
キーワード (Keywords)
C言語、数理生物学、数値計算、Computational Biology
履修条件等 (Pre-requisites)
特になし。
履修に必要な知識・能力 (Required Ability)
毎回出席すること。TAが多数つくため、プログラミングに関する疑問は随時TAにたずねること。

到達目標 (Course Objectives)
観点 (Stand Point) 詳細 (Specify in Detail)
   

授業計画 (Course Plan)
進度・内容・行動目標 (Tentative Weekly Schedule) 授業形態 (Teaching Style) 授業時間外学習 (Comments, suggestions for course preparation, review, etc.)
講義 (Lecture) 演習・その他 (Exercise, Field trip, etc)
1 1.Hello, World!:プログラミングの意義,プログラムが動くまで,環境導入
2.四則演算、繰り返し処理の習得
3.離散ロジスティックモデル:結果の出力,数値計算と数式処理
4.指数増殖、ロジスティック成長:オイラー法
5.ロトカ・ボルテラ モデル:ファイル入出力,結果の可視化
6.サーカディアンリズム:離散化
7.疫学モデル:数値積分
8.疑似乱数
9.ライトフィッシャーモデル:確率過程
10.セルオートマトン:人工生命,時間変化する結果の可視化
11.発がんプロセス:確率過程
12.チューリングパタン:拡散,現実との対比
13.データ解析:最小二乗法
14.数理生物学でのプログラミング:研究紹介
15.まとめ:総復習
-    
授業以外での学習にあたって (Suggestions for success(Specific) )
 

テキスト(Textbooks)
毎回実習資料を配布する。
参考書 (Reference Books)
実習中に適宜紹介していく。
授業資料(Course Handouts)
 

成績評価 (Evaluation)
行(row):観点 (Stand Point) 列 (column):成績評価方法 (Evaluation Method) 評価観点(未記入) 備考( 欠格条件、割合等 ) (Grading Percentage, Disqualification etc. )
学期末試験 (Final Exam) -  
小テスト (Class tests) -  
レポート (Report)  
発表(プレゼン、スピーチ等) (Presentation) -  
授業への貢献度 (In-class contribution) -  
授業態度(出席) (Attendance)  
  -  
成績評価基準に関わる補足事項 (Additional Information regarding Evaluation Method) 毎回のレポートと出席による。
ルーブリック (Rubric)
ファイル名 (File name)備考 (Remarks)公開日時 (Release date)
haeno_ruburriku.pdf 2015-03-31 17:41:06

学習相談 (Study Consultation (Office Hour) )
基本的に金曜日13:00~14:00。メールによる質問も随時受け付ける。
その他 (Others)
該当なし。
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最終更新日時
2015-04-03 12:05:14